Toxum kənd təsərrüfatı istehsalının ən kiçik görünən, lakin nəticəyə ən güclü təsir göstərən başlanğıc sərmayəsidir. Eyni torpaq, su və gübrə şəraitində müxtəlif sortların məhsuldarlığı, yetişmə müddəti, keyfiyyəti və xəstəliklərə davamlılığı fərqli ola bilər. Buna görə toxum yalnız qiymətinə görə deyil, iqlimə uyğunluğu və təsərrüfatın istehsal məqsədləri nəzərə alınaraq seçilməlidir.
İqlim dəyişdikcə toxum seçimində quraqlığa, istiliyə, duzluluğa və yeni xəstəliklərə davamlılıq daha böyük əhəmiyyət qazanır. Müasir seleksiya proqramları daha az su və istehsal resursu ilə sabit məhsul verə bilən sortların yaradılmasına yönəlir. USDA-nın bitki genetikası və dayanıqlı əkinçilik üzrə tədqiqat istiqamətləri də məhsuldarlığı və gəliri artıran, istehsal resurslarını azaldan və iqlim dəyişikliklərinə davamlı bitki sistemlərinin hazırlanmasını əhatə edir.
Sertifikatlaşdırılmış toxumun əsas üstünlüyü onun sort təmizliyinin, cücərmə qabiliyyətinin və keyfiyyət göstəricilərinin yoxlanılmasıdır. Mənşəyi məlum olmayan toxumlarda zəif cücərmə, sort qarışıqlığı və xəstəlik daşıma riski daha yüksək ola bilər. İlkin mərhələdə ucuz görünən belə seçim sonradan təkrar səpin, əlavə dərmanlama və aşağı məhsuldarlıq səbəbindən fermerə daha böyük xərc yarada bilər.
Toxum seçimi zamanı məhsulun son istifadə istiqaməti də nəzərə alınmalıdır. Təzə satış üçün yetişdirilən məhsulla uzunmüddətli saxlanma, sənaye emalı, ixrac və ya heyvan yemi üçün nəzərdə tutulan məhsulun sort xüsusiyyətləri eyni olmur. Alıcının tələb etdiyi ölçü, rəng, dad, yetişmə müddəti və daşınmaya davamlılıq əvvəlcədən müəyyənləşdirildikdə fermer bazara daha uyğun məhsul çıxara bilir.
Ən düzgün yanaşmalardan biri yeni sortu bütün sahədə əkməzdən əvvəl kiçik sınaq sahəsində yoxlamaqdır. Fermer müxtəlif toxumların cücərmə faizini, su tələbatını, xəstəliyə davamlılığını, məhsuldarlığını və satış keyfiyyətini eyni şəraitdə müqayisə edə bilər. Belə sınaqlar göstərir ki, məhsulun taleyi toxum torpağa düşdüyü anda deyil, toxum haqqında düzgün qərar verildiyi anda müəyyənləşməyə başlayır.
